Información preparada por el alumno Rubén de la Torre Cerro de la asignatura de Contaminación Ambiental y Biodiversidad del Máster Oficial en Técnicas de Caracterización y Conservación de la Diversidad Biológica.
Una disminución de la producción de hojarasca, medida en gramos por metro cuadrado y día, así como un aumento en el porcentaje de cobertura nos indican que estos manglares se encuentran en zonas que están sufriendo eutrofización. Además la composición de especies también varía según el grado de eutrofización, por ejemplo, en zonas menos eutrofizadas tiende a haber formaciones monoespecíficas de Rhizophora, mientras que en zonas con fuerte eutrofización esta especie suele aparecer en formaciones mixtas junto con Laguncularia racemosa.
Por otro lado, se ha demostrado que la presencia de mutaciones, especialmente relacionadas con la clorofila (bajos niveles e incluso árboles albinos) son un claro indicador de contaminación por mercurio en los sedimentos.
Además, las comunidades sésiles que habitan en los manglares también pueden ser empleadas como bioindicadores. En el caso de los briozoos, suelen ser bioindicadores frente a una mala circulación del agua, concentración de sólidos en suspensión, fluctuaciones en salinidad o temperatura u oxígeno disuelto. Las fluctuaciones en salinidad son el factor que presenta unos ejemplos más claros en estos organismos, el género Bowerbankia sólo está presente en zonas donde las fluctuaciones son muy grandes, lo cual indica la presencia de vertidos de agua dulce. En el caso de los ostrácodos, parecen ser eficientes indicadores de la presencia de hidrocarburos en el agua.